Hz. Peygamber hicret emrini aldığında Hz. Ebû Bekir’in evine varıp Medine'ye birlikte gideceklerini söyleyince Hz. Ebû Bekir heyecan ve sevinçten ağlamaya başladı.
Mekke'den gece birlikte çıktılar. Sevr mağarasının önüne gelince Hz. Ebû Bekir, önce mağaraya kendi girdi. Her tarafı süpürüp temizledikten ve hırkasını parçalayıp delikleri tıkadıktan sonra Hz. Peygamber'i içeri davet etti. Peygamber efendimiz içeri girdi ve mübarek başını Hz. Ebû Bekir’in kucağına koyup uyudu.
O zaman, Hz. Ebû Bekir'in ayağını bir yılan soktu; fakat o canı çok yanmasına rağmen Rasulüllah'ın uyanmaması için sesini çıkarmadı. Göz yaşları mübarek yüzüne damlayınca Hz. Peygamber uyandı ve "Ne oldu, ya Ebâ Bekir?" diye sordu. Hz. Ebû Bekir, "Bir yılan ayağımı soktu." dedi. Hz. Peygamber, yılanın soktuğu yere ağzının yaşından sürünce acısı hemen dindi ve şifa buldu.
Onlar içerde iken müşrikler mağaranın önüne kadar geldiler. Hz. Ebû Bekir, "Beni öldürürlerse ne gam! Fakat, Allah korusun, sana bir şey olursa bütün ümmetin yok olmasına sebep olur." diyerek hüzünlendi. Âlemlerin Efendisi, Tevbe suresinin 40.âyetinde belirtildiği gibi "Mahzun olma! Allah bizimledir." buyurdu. Mağaranın kapısında örümcek ağını ve güvercin yuvasını gören müşrikler onların orada olamayacaklarını düşünerek dönüp gittiler. Onlar gittikten sonra Hz. Ebû Bekir, "Ya Rasulüllah, eğilip baksalardı, bizi göreceklerdi." dedi. Hz. Peygamber, "Ya sen ne zannedersin o iki refik (arkadaş) hakkında ki onların üçüncüsü Allah ola." buyurdu.
Mekke'de iken 40 bin dirhem serveti vardı. O, bu servetini Mekkeli müşriklerin ağır işkenceleri altında kıvrandırdıkları kadın, erkek birçok Müslüman köleleri satın alıp kurtarmak ve Müslümanları güçlendirmek için harcadı. Medine’ye hicret ettiğinde yanında sadece beş bin dirhemi kalmıştı. Kalan bu servetini de Medine'de Müslümanlar için cömertçe dağıttı.
Tebük seferi sırasında Hz. Peygamber Müslümanların yardım yapmasını emir buyurmuştu. Hz. Ömer, kalbinden, "Eğer Ebû Bekir'i geçeceğim bir gün varsa o gün, bu gündür." diyerek malının yarısını getirir ve teslim eder. Peygamber Efendimiz ona: "Çocuklarına ne bıraktın?" diye sorar. Hz. Ömer, "Getirdiğim kadar da onlara bıraktım." der.
Biraz sonra Hz. Ebû Bekir gelir. Peygamber Efendimiz, ona da, "Sen çocuklarına ne bıraktın?" diye sorar. Hz. Ebû Bekir, "Ben malımın hepsini getirdim, onlara Allah ile Peygamberini bıraktım." der. Hz. Ömer: "O zaman kalbimden, imkânı yok, ben Ebû Bekir'i hiçbir zaman geçemem, dedim." der.
Vefatında kızı Hz. Ayşe validemize, bir sağmal deve, Müslümanların kılıçlarını bileyip temizleme işlerini yapan ve ailesine hizmet eden bir köle, içine süt sağılan bir çanaktan başka bir şey bırakmamıştı. Hz. Ayşe validemiz de vefatı sırasında bunların halife olan Hz. Ömer’e götürülüp verilmesini vasiyet etti. Bütün bunlar kendisine teslim edilince Hz. Ömer ağlayarak "Allah Ebû Bekir’e rahmet etsin. O kendisinden sonrakine çok güç bir örnek bıraktı." demekten kendini alamadı.
Hz. Ebû Bekir, Hz. Peygamber'den iki sene sonra 63 yaşındayken Medine'de vefat etti. Cenaze namazını Hz. Ömer kıldırdı. Kâinatın Efendisi Hz. Muhammed'in göğüs hizasına defnedildi. Kabre, oğlu Abdurrahman, Hz. Ömer, Hz. Osman ve Hz. Talha indirdi.
Onun hayat felsefesi oluşturan sözleriyle yazımızı tamamlayalım:
"Hesaba çekilmeden kendinizi hesaba çekiniz."
"Hayır işlerinde acele edin, çünkü arkanızdan acele gelen eceliniz var."
“Nerede herkesin hayran olduğu güzel yüzlü insanlar! Nerede gençliğine mağrur olan yiğitler! Nerede ihtişamlı şehirler kurup etrafını yüksek surlarla çeviren hükümdarlar! Nerede harp meydanlarının mağlûbiyet tanımayan kahramanları! Zaman hepsini çürütüp yerle bir etti. Hepsi kabrin karanlıklarına gömülüp gittiler. Acele edin, acele edin! Vakit geçmeden aklınızı başınıza alın da ölüm ötesine bir an evvel hazırlanın! Kendinizi kurtarın, kendinizi kurtarın!
